微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機肥嚴格，有特定的施用要求，使用時要注意施用條件，任何一種類型的微生物肥料，都有其適用的土壤條件、作物種類、耕作方式、施用方法、施用量等，嚴格按照產品使用說明書操作，才能取得好的增產效果。施用時應注意以下幾點：

    首屈一指點：微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可以發揮作用，見到效果，而且長期均衡地供給作物營養。
    第二點：微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。

     第三點：微生物肥料應避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
    第四點：微生物肥料不能長期泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進生物菌活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%～70%。
    第五點：微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。

    第六點：微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。

    第七點：微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，一次用完，包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生質變，影響活性，影響其使用效果。